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京都府7 個地點
照片作者：Keith Pomakis · CC BY-SA 2.5二條城
🚉 二條城前站 · 步行 8 分鐘
3年E班京都修學旅行的一站。二之丸御殿的房間有著名的「夜鶯地板」，會故意吱嘎作響來暴露入侵者，這個細節和這部作品很相配。
照片作者：Basile Morin · CC BY-SA 4.0伏見稻荷大社
🚉 稻荷站 · 步行 2 分鐘
出現在3年E班的京都修學旅行中：稻荷山上的鳥居隧道，是全班練習偵察的迷宮。
照片作者：Raita Futo from Tokyo, Japan · CC BY 2.0二年坂與三年坂
🚉 京都河原町站 · 步行 18 分鐘
這兩條小路與3年E班京都修學旅行的特別篇有關。
照片作者：Maksym Grinenko · CC BY-SA 4.0東映太秦映畫村
🚉 太秦廣隆寺站 · 步行 5 分鐘
京都修學旅行的自由活動時間裡，3年E班去過的地點之一。
照片作者：Hahifuheho · CC0嵯峨野觀光鐵道保津川橋梁（保津川橋梁・トロッコ保津峡駅）
🚉 清瀧 · 步行 30 分鐘
嵯峨野觀光小火車「Romantic Train」行經的這座橋，出現在3年E班修學旅行的路線上。
照片作者：Martin Falbisoner · CC BY-SA 4.0京都站
🚉 京都站 · 步行 9 分鐘
修學旅行抵達時，3年E班在這裡下新幹線，然後分成各個參觀小組。
照片作者：Tokuzo in Edo Village (江戸村のとくぞう) · CC BY-SA 4.0近江屋跡 — 坂本龍馬遇襲處
🚉 京都河原町站 · 步行 3 分鐘
3年E班修學旅行問答路線上的歷史景點之一。
栃木縣5 個地點
照片作者：Asanagi · CC0大谷資料館
🚉 資料館入口 · 步行 6 分鐘
真人版拍攝地。據栃木電影委員會證實，內部曾被用作2015年第一部《暗殺教室》真人版電影的拍攝場景。
照片作者：Uraniwa · CC BY-SA 4.0岩船山 — 舊採石場
🚉 岩舟站 · 步行 8 分鐘
真人版拍攝地。這座舊採石場的岩壁是日本電影長年使用的爆破場景：2016年《暗殺教室～卒業編～》中，學校後山、最後一堂課上演的地方，就是在這裡拍攝的。
照片作者：Yobito KAYANUMA · CC BY-SA 3.0島崎酒造 洞窟酒藏（島崎酒造 どうくつ酒蔵）
🚉 瀧站 · 步行 13 分鐘
真人版拍攝地。據栃木電影委員會的說法，《暗殺教室～卒業編～》中全班被關進去的洞窟場景，就搭設在參觀路線上。
照片作者：TANAKA Juuyoh (田中十洋) from Japan · CC BY 2.0栃木花中心（とちぎ花センター）
🚉 岩船園前 · 步行 2 分鐘
真人版拍攝地。這座大型熱帶溫室是《暗殺教室～卒業編～》中柳澤實驗室的內部：場景就搭設在平常的參觀路線上。
照片作者：Nyao148 · CC BY-SA 4.0宇都宮共和大學 — 那須校區（宇都宮共和大学 那須キャンパス）
🚉 共和大學前 · 步行 5 分鐘
真人版拍攝地。校園曾作為《暗殺教室：畢業篇》中研究實驗室的外景。
埼玉縣3 個地點
照片作者：Hanasakijijii · CC BY-SA 3.0櫻山展望台
🚉 元加治站 · 步行 27 分鐘
官方聯動作品「殺老師 VS 齊木楠雄——入間最終決戰」的兩個舞台之一：殺老師在這裡以齊木的對手身分登場，故事由兩位作者共同創作。這次聯動的起因，是麻生周一和松井優征都出身入間。
照片作者：京浜にけ · CC BY-SA 3.0入間市博物館 — ALIT
🚉 入間市博物館 · 步行 7 分鐘
官方聯動作品「殺老師 VS 齊木楠雄——入間最終決戰」的兩處舞台之一：殺老師在這裡以齊木的對手身分登場，故事由兩位作者共同創作。
照片作者：Ue at Japanese Wikipedia · Public domain駿河台大學 — 飯能校區
🚉 元加治站 · 步行 25 分鐘
真人版拍攝地。飯能校區是真人版電影中椚丘中學的主校舍（有「普通」班級的那棟，相對於 3-E 班的木屋），也是《暗殺教室～卒業編～》中校慶的舞台。
東京都2 個地點
照片作者：Alexandr3126 · CC BY-SA 4.0東京站
🚉 東京站 · 步行 3 分鐘
新幹線月台是 3年E班前往京都修學旅行的出發點。
照片作者：103momo ( talk · contribs ) · CC BY-SA 3.0八王子站 — 南口
🚉 八王子站 · 車站前
這是3年E班所用車站的原型：南口和剪票口出現在第 3 集，可從 CELEO 南館大樓認出；車站在第二季最後一集烏間的獨白中再次出現，還有茅野楓主演電影的海報。幾百公尺外的淺川河堤，被認為是一段跑步場景的背景：只是周邊的細節，不是單獨的一個行程點。
群馬縣1 個地點
舊入須川小學校
真人版拍攝地。山丘上的廢棄建築，就是《暗殺教室～卒業編～》中用來拍攝椚丘高中舊校舍的地點。