館內的隧道水族館只展示湖泊的魚類，是日本同類水族館中規模最大的。
博物館於1996年10月20日開館，地下與地庫合計占地近 24,000 平方米。除了日本最大、專門展示琵琶湖特有魚類的隧道水族館，館內還展出一具 Tsudanskii 象的部分骨骼（全世界第一件此類復原），以及每天對取自琵琶湖本身的浮游生物所做的觀察。2023年2月，大型鯰魚水槽的一片壓克力板在開館前破裂，使該區淹水：博物館確認原因是材料劣化之後，發起募款進行修復。
滋賀縣的自然史與考古博物館，專門介紹琵琶湖的生態系，位於草津。
ℹ️ 開放時間 10:00～17:00（最後入場 16:00）。門票：成人 800 日圓，高中生及大學生 450 日圓，小學生及初中生免費。星期一休館（公眾假期除外）。
🚉 水生植物公園みず之森 · 步行 18 分鐘
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